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El Archivo General del Estado de Oaxaca aloja en sus registros la memoria del Poder Ejecutivo del Estado de Oaxaca. Los documentos que resguarda proceden de las instituciones administrativas de la Villa y posterior Ciudad de Antequera durante la época colonial, así como de las distintas instancias gubernamentales de la denominada Ciudad de Oaxaca durante el periodo independiente y etapa postrevolucionaria. La cronología de los documentos de archivo del AGEO abarca de 1574 hasta 1950.
En los documentos de archivo de la época colonial del AGEO, se localizan registros con escritos en lenguas originarias de Oaxaca. Esta documentación fue originada principalmente durante los siglos XVII y XVIII, como consecuencia de los procesos a cargo de las unidades administrativas, judiciales y políticas denominadas Alcaldías Mayores y Reales Intendencias. Los documentos se constituyen en su mayoría por asuntos de Gobierno y Justicia como testamentos, contratos de compra venta, escrituras de donaciones, cuentas, entre otros.

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El Archivo General de la Nación (AGN) custodia el acervo más valioso del patrimonio documental de México y de Latinoamérica. Su riqueza informativa es fuente universal de la memoria histórica de la humanidad, conformado por más de 52 km lineales de expedientes organizados en fondos, secciones y series, abiertos a la consulta pública. Los registros más antiguos datan de la tercera década del siglo XVI hasta la primera del siglo XXI.
El Archivo General de la Nación tiene su origen en el proyecto presentado por el virrey ilustrado Juan Vicente Güemes Pacheco y Padilla, Segundo Conde de Revillagigedo, en marzo de 1790 y en la posterior redacción de las Ordenanzas en 1792, con el objeto “conservar con esmero y cuidado los documentos antiguos”.
Siendo secretario de Relaciones Interiores y Exteriores, el estadista e historiador Lucas Alamán logró que se aprobara la creación del Archivo General y Público de la Nación (AGPN), el 23 de agosto de 1823. Para administrarlo se comisionó a los antiguos archivistas del virreinato, Juan De Dios Uribe e Ignacio Cubas. El nuevo AGPN estableció que los servicios de la institución no estaban destinados exclusivamente al uso del gobierno, sino para todos aquellos que estuvieran interesados en consultar su acervo.
En el Archivo General de la Nación (nombre en uso desde 1918) se encuentran los documentos que corresponden a las actividades administrativas de la época virreinal, principalmente documentos de las instituciones coloniales como la Secretaría de Cámara del Virreinato, Real Hacienda, Real Audiencia, Santa Inquisición, Real y Pontificia Universidad de México y Hospital de Jesús, así como documentación eclesiástica como Bienes Nacionales, Templos y Conventos, Matrimonios, Congregaciones, Clero Regular y Secular, entre otros. En los expedientes que conforman los ramos de Tierras, Civil (ambos en Real Audiencia), Inquisición y Hospital de Jesús, y en menor medida algunos otros ramos, existen documentos redactados en lenguas indígenas, principalmente nahuatl, zapoteco, mixteco, matlatzinca, otomí, purhépecha, kakchiquel y maya. A veces se trata de documentación comprobatoria, pero otras veces era parte del proceso de comunicación multilingüe dentro de los procesos y trámites locales.

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El Archivo Histórico de Notarías de Oaxaca (AHNO) forma parte del Archivo Histórico de la Dirección General de Notarías y del Archivo General de Notarías del Gobierno del Estado de Oaxaca, se encuentra resguardado en el Centro Cultural Santo Domingo, la documentación está dividida por libros de escribanos, jueces receptores y notarios públicos. Los primeros poseían la facultad para validar los instrumentos públicos. Los jueces receptores, a falta de escribanos en las cabeceras distritales, quedaron habilitados como notarios públicos y los notarios públicos sustituyeron al escribano.

El acervo muestra la evolución histórica del estado de Oaxaca a través de sus documentos que provienen sobre todo de la parte central del estado. Entre otros temas, se pueden consultar ventas de esclavos, casas, haciendas o trapiches; también obligaciones de obra, cartas de aprendiz, testamentos, arrendamientos, hipotecas y poderes. Los protocolos que se encuentran en este archivo contienen una riqueza histórica invaluable, en ellos podemos encontrar información que data de 1681 hasta 1935.

El IDIH se fundó en 1989 con la finalidad de resguardar los documentos históricos de la Provincia de Santiago de la Orden de Predicadores en México, que fueron trasladados al Archivo Histórico de la Provincia del Convento de Santo Domingo de Querétaro. El acervo contiene documentación que data de la llegada de los dominicos a la Nueva España en el siglo XVI y el posterior desarrollo de las antiguas provincias que tuvieron los dominicos por todo el territorio novohispano. Actualmente, el archivo se conforma por dos colecciones y tres fondos: Colección Vida Consagrada Femenina, Colección Órdenes Laicales, Fondo Santiago de México, Fondo San Hipólito Mártir de Oaxaca y Fondo Santo Domingo de Querétaro.
El Fondo San Hipólito Mártir de Oaxaca es uno de los acervos más consultados por los investigadores. Contiene información sobre la antigua provincia dominica de San Hipólito Mártir, fundada en la década de 1590. Algunos de sus documentos ofrecen información sobre la fundación de esta provincia, actas capitulares, correspondencia entre frailes, licencias para sacerdotes, donaciones, cartas de venta de terrenos, pleitos de propiedad en pueblos oaxaqueños y peticiones de frailes, por mencionar algunos. Su temporalidad abarca desde finales del siglo XVI hasta 1980. Actualmente, el Archivo Histórico de la Orden de Predicadores en México, en tanto archivo privado, ofrece el servicio de consulta a investigadores, estudiantes y público en general.
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